Сюжет

С началом 4-ой Войны Шиноби...
Среди Акацук проходит всплеск негодования, Тоби долго не мог понять, кто стоит за этим, но в скорем времени он выяснят, что это Итачи, который хочет остановить войну. Из-за неизбежных конфликтов Акацуки обречены на раскол, но Альянс Шиноби продолжает охоту на сверъопасных приступников. Теперь организации нет, и каждый из членов сам за себя, но возможны союзы. Некоторые остались с Пейном, некоторые пошли за Итачи, кто-то предпочёл сторону Тоби, но теперь организация потеряла сплочёность. Саске уходит из деревни к Орочимару, который хотел забрать его тело, но у Санина ничего не вышло и Саске ушёл "хлопнув дверью". Саске бился с Итачи, но среди боя оказалось, что Итачи герой, а не преступник и братья решили объедениться для создания мира. Орочимару тем временем пытается захватить мир, но его попытки тщетны, т.к. его попытки пресикают Итачи с Саске, Альянс и Данзо. Данзо уходит из Конохи и создаёт организацию "Корень" которая хочет уничтожить "ошибки прошлого" и принести мир Конохе, но несколько странными методами.